以下の内容をご確認ください。
FTPソフト・ファイルマネージャでのファイルのアップロード場所に注意してください。「対象のドメイン名/public_html」内にアップロードする必要があります。それ以外の場所にファイルを置いても、ホームページとしては表示されません。
サーバーについて > 仕様一覧 > ファイルやフォルダが削除できなくなった場合をご覧ください。
FTPソフトの設定で「パッシブモード」の項目を On/Off に切り替えて、FTPソフトを再起動後、再度お試しください。